Большой Шантар богат горами, реками и озерами. На острове выделяются три основных горных хребта, которые из космоса выглядят как гигантская буква N. Берега острова не сильно изрезаны, зато обрывисты и скалисты. И очень красивы: знаменитые цветные скалы Большого Шантара стали одной из главных достопримечательностей всего архипелага

Хребет Западный тянется от мыса Северный на юг и упирается в мыс Радужный. Центральный хребет – Нагорных (назван в честь топографа Ивана Васильевича Нагорных, погибшего при составлении карт островов) – образует водораздел главных речных систем острова, северной и южной. Восточный хребет идёт вдоль восточного побережья от горы Весёлая (721 м, самая высокая точка острова) к мысу Северо-Восточный. На Большом Шантаре хватает полудрагоценных камней – яшмы, родонита, мраморов. Они придают местным пейзажам особенно колоритный вид. Яшма раскрасила в яркие цвета скалы мыса Радужный. Выходы родонита встречаются у Северного и Северо-Западного мыса и мыса Филиппа. Запасы различных минералов не промышленного масштаба, а потому главная ценность островов в их красоте

Низменностей на острове мало, в основном в низовьях рек, поймах и на морских террасах; они покрыты тундровой и болотной растительностью. Самая большая, Приозерная, находится на северо-востоке, на ней расположено самое крупное лагунное озеро архипелага, которое так и называется – Большое. Самым большим запрудным озером является Карпино

Богатство цвета и формы определяет многообразие горных пород: многие участки побережья сложены кремнистыми и яшмовидными сланцами, порфиритами и кварцитами, из которых местные ветра и течения за тысячелетия лет вытесали живописные берега с кекурами, арками и утесами. На Большом Шантаре эти структуры наиболее разнообразны, что определяет красоту горных пород. Недаром Шантарские острова некоторые называют геологическим музеем под открытым небом

На острове много ручьев и относительно крупных рек – Оленья, Якшина, Большой Анаур, а также не менее двадцати водопадов. Местные речки – рай для рыбака, для многих туристов рыбалка на их берегах входит в обязательную программу посещения островов. Из пресноводных рыб здесь ловится ленок (в реках – Якшина и Большой Анаур), жилая мальма, краснопёрка; в сезон на нерест заходят лососёвые – кунджа, горбуша, проходная мальма.

В устьях рек Малый и Большой Омокой во время прилива образуются лагунные озера, размеры которых колеблются в зависимости от уровня подъема воды. Небольшие временные озера в прилив также образуются в устьях рек Якшина, Амука, Большой Анаур. В прошлом в таких местах любили устраивать свои стоянки промышленники и китобои

Рыбалка на острове Большой Шантар интересна еще и тем, что там обитают разнообразные виды рыб. Не всю рыбу можно ловить, например Микижу - радужную форель, эта рыба эндемик на Шантарах и водится только в одной реке - Оленья на острове Большой Шантар. Микижа охраняется и внесена в красную книгу России. Спортивная и любительская рыбалка регламентируется положением о национальном парке и федеральным законом "О любительском рыболовстве"

Большой Шантар – единственный обитаемый остров архипелага. На гидрометеостанции «Большой Шантар» круглый год проживает два человека. В теплое время года население увеличивается: сезонный кордон на северо-восточном берегу озера Большого принимает сотрудников национального парка. Первая метеостанция появилась на островах еще в 30-х годах прошлого века, в устье реки Амука. В 1974 году метеорологи переехали в здание бывшей школы стоявшего здесь раньше посёлка Большой Шантар. До 2013 года вся информация передавалась по старинке, азбукой Морзе; затем на станции установили автоматический метеокомплекс, который сам замеряет и отправляет основные данные по радиоканалу в Хабаровский гидрометеоцентр.

Гидрометеорологическая станция на острове Большой Шантар считается населённым пунктом и находится административно в Тугуро-Чумиканском районе Хабаровского края. Когда-то давно тут был целый посёлок, он просуществовал с 1924 года до начала 60-х годов прошлого века. В посёлке была школа, лесопилка, звероферма, клуб и магазины. Сегодня о былой цивилизации напоминает только метеостанция, заброшенное кладбище и некоторые развалины.

Часть наблюдений – например, контроль облаков, состояние снежного и ледяного покрова в Шантарском море – автоматике не доверишь, так что этим по-прежнему занимаются живые люди. На метеостанции живут всего 2 человека, муж и жена, Валера и Марина Путовы. С приходом цивилизации на метео появился более менее сносный спутниковый интернет, Валера периодически выходит на связь рассказывая новости со своего острова. Девять месяцев в году Шантары объяты льдом. А сотрудники метеостанции не выезжают в отпуск по 2-3 года. Люди на Большом Шантаре появляются только в конце июля. Приезжают туристы и сотрудники национального парка, а уже в сентябре все уезжают, и снова наступает долгая зима. Время там течёт медленно, а пространство сжимается до стен метеостанции

Остров прекрасен не только природой, тут много интересных исторических мест, связанных с историей китобойного промысла, советским наследием и судьбами людей. В районе метеостанции расположены развалины жироплавильного завода: раньше считалось, что это следы хищнического американского китобойного промысла, но историки доказали, что это комплекс переработки морских млекопитающих советской эпохи

Останки перерабатывающего производства в районе бывшего поселка Большой Шантар, которые давно стали своеобразным музеем под открытым небом. Его точное расположение на берегу указывает дымовая труба, видная издалека. Долгое время считалось, что здесь располагался завод по переработке туш китов, построенный во времена «китовой лихорадки», однако историки и журналисты доказали ошибочность этой версии. Автор книги «Советские острова в Тихом океане», известный экономист и географ Михаил Сергеев пишет: «до 60-х годов 19 века техника китобойного промысла была примитивна и сводилась к парусному кораблю, весельным вельботам, ручным гарпунам и примитивным салотопням». То есть, вырезанный из туши кита жир вытапливался на берегу в обычных котлах, без использования промышленного оборудования.

Завод же на Большом Шантаре не зря называют заводом: это довольно серьезное производство. От былых времен здесь осталась паровая машина (локомобиль), водяной ручной насос, транспортер с измельчителем жира, товарные весы, рамная пилорама, тяговая дымовая труба, большие и маленькие жиротопочные чугунные и стальные котлы, тележка, автоклав, остатки клейменных кирпичей разного возраста, а также ряд мелких деталей, инструментов и приспособлений. Что же здесь находилось в действительности? Согласно данным Сергеева, это объекты более позднего, советского периода освоения Шантар. «В устье реки Якшино в 1926 году оформлено островное хозяйство. За период с 1924 – 1932 гг. на островах закончено большое – по местным условиям строительство.

Помимо постройки нового поселка… произведено необходимое производственно-промысловое строительство, как для главной, так и второстепенных подсобных отраслей хозяйства. Выстроено несколько звероводческих ферм-питомников для пушных животных с клетками и изоляторами, лесопильный и жиротопенный заводы, сельскохозяйственные постройки, склады, ледники и другие хозяйственные постройки, метеорологическая станция и радиостанция, фактория, промысловые зимовья для охотников».